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O objetivo desta pesquisa consiste em desenvolver e avaliar Sistemas de Classificação Hierárquica, baseado em Técnicas de Aprendizagem de Máquina tanto baseadas em Técnicas Locais quanto Técnicas Globais que permitam a Classificação Hierárquica de Proteínas. Como objetivos específicos têm-se: a) Determinar como técnicas de Aprendizagem de Máquina não hierárquicas podem ser alteradas para trabalhar em problemas hierárquicos de previsão da função de proteínas, tanto aquelas baseadas em árvore quanto as baseadas em grafos; b) Propor arquiteturas que permitam trabalhar com problemas hierárquicos, baseadas em grafos; c) Desenvolver estratégias de avaliação para problemas hierárquicos; d) Avaliar o desempenho das arquiteturas propostas em problemas de Classificação Hierárquica de Proteínas.